Éder lựa chọn để đại diện cho Bồ Đào Nha thi đấu quốc tế. Sau màn trình diễn ấn tượng tại Braga, anh lần đầu tiên được gọi vào đội tuyển quốc gia trong tháng 8 năm 2012 cho trận đấu với Luxembourg tại vòng loại FIFA World Cup 2014, nhưng không được sử dụng trong chiến thắng 2–1 trên sân khách vào ngày 7 tháng 9.[29] Anh có trận ra mắt bốn ngày sau đó trong cùng giải đấu, thay thế Hélder Postiga trong phút cuối của chiến thắng 3–0 trên sân nhà trước Azerbaijan.[30]

Vào ngày 19 tháng 5 năm 2014, Éder có tên trong danh sách cuối cùng của 23 cầu thủ tham dự giải đấu ở Brazil.[31] Anh có lần ra mắt tại giải đấu này vào ngày 16 tháng 6, thay thế Hugo Almeida bị chấn thương trong hiệp đầu của thất bại 0–4 ở vòng bảng trước Đức.[32] Trong trận đấu thứ hai, trận hòa 2–2 trước Hoa Kỳ, anh vào sân thay tiền đạo Hélder Postigabị chấn thương rời sân sớm.[33]

Bàn thắng quốc tế đầu tiên của Éder đến trong trận đấu thứ 18 của anh, bàn thắng duy nhất trong chiến thắng ở trận đấu giao hữu trước Ý tại Stade de Genève vào ngày 16 tháng 6 năm 2015.[34] Anh được lựa chọn bởi Fernando Santos vào đội hình dự UEFA Euro 2016[35] và là người ghi bàn thắng duy nhất trong trận chung kết để đánh bại chủ nhà Pháp trong hiệp phụ.[36][37][38] Trước trận chung kết, Éder chỉ được thi đấu 6 phút trong trận gặp Iceland và 7 phút trong trận gặp Áo (đều tại vòng bảng) với tổng cộng 7 lần chạm bóng.[39]